12 октября 2011 года собрание сопредседателей (учредителей) Совета атеистов Рунета внесло поправки в Устав организации.
Поправки связаны с тем, что Совет атеистов Рунета, как орган общественной самодеятельности, не должен иметь членства. Данные поправки также призваны дать возможность атеистам русскоязычного сегмента сети Интернет принимать активное участие в работе Совета.
Новая редакция Устава опубликована и действует с момента внесения изменений.